Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam UNSOED adalah salah satu dari enam fakultas baru yang didirikan berdasarkan Permendikbud No. 21 Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNSOED. Cikal bakalnya telah dimulai pada tahun 1999 bernama Program Sarjana MIPA dan mempunyai tiga Jurusan, yaitu Jurusan Kimia, Matematika dan Fisika. Pembukaan Program Studi Kimia dan Matematika dimulai pada tahun 1999 dan pada tahun 2003 dibuka Program Studi Fisika. Pada tahun 2007 Fakultas MIPA merupakan salah satu Jurusan yang berada di bawah Fakultas Sains dan Teknik (FST) berdasarkan Surat Keputusan Rektor Unsoed Nomor : Kept.239/ H23/OT/2007 tanggal 4 Juli 2007 Tentang Pembentukan Fakultas Sains dan Teknik Unsoed dan Nomor : Kept.240/H23/OT/2007 tanggal 4 Juli 2007 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Fakultas Sains dan Teknik Unsoed. Secara resmi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam didirikan pada tanggal 24 Oktober 2014 berdasarkan Surat Keputusan Rektor Unsoed Nomor : 1600/ UN23/OT.01/2014. Kampus Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam terletak di Kampus Unsoed Karangwangkal, Jl. Dr. Soeparno No. 61, Purwokerto.